La Cour des comptes a été instituée par la Constitution de 1976 comme étant une institution de contrôle de l'ensemble des organismes publics. Elle constituait également une juridiction avec des magistrats. Mais, en 1990, il y a eu une réforme de la loi régissant la Cour des comptes qui a dépouillé l'institution de sa qualité de juridiction et a limité son contrôle aux soumis au droit administratif et à la comptabilité technique et sont sortis de son domaine de compétence toutes les entités économiques publiques.

En 1995, il y a eu une ordonnance qui est venue restituer à la Cour ses attributions juridictionnelles, d'une part, sur les comptables publics et des ordonnateurs et, d'autre part, sur les compétences administratives en matière de contrôle de la qualité de gestion et sur tous les organismes publics.

En 1995, il y avait nécessité de rétablir la Cour des comptes dans son statut d'institution supérieure des comptes avec des compétences très larges mais aussi avec des attributions qui sont assez modernes en termes de contrôle et ce, dans la mesure où l'apurement des comptes (le contrôle formel) reste une obligation qui pèse sur la Cour des comptes. Néanmoins, ce n'est pas une obligation unique et fondamentale, elle était accompagnée par d'autres attributions, notamment le contrôle de la qualité et de la gestion, la contribution à l'évaluation des programmes et des politiques publiques.

Notes: - 70% à 80% des gestionnaires déposent leurs comptes à la Cour des comptes en vue de leur apurement. De 1995 à 2000, la Cour a apuré et vérifié une trentaine de comptes.

- En 2005, la Cour a 200 magistrats dont 180 opérationnels.

- Le Conseil des ministres en date du mercredi 25 août 2010 a approuvé  une ordonnance modifiant et complétant l'ordonnance 95-20 du 17 juillet 1995  , relative à la Cour des Comptes: élargissement des missions, extension du champ de contrôle dévolu, renforcement de l'efficacité, aggravation des sanctions financières, non exclusives , le cas échéant, des poursuites pénales.